1. 重庆国家生物产业基地实验动物中心。依托重庆医科大学实验动物中心，联合重庆市中药研究院实验动物研究所建立，是国内重要的、特色显著的实验动物供应基地、应用基地、研究基地和产业化基地，主要职能是实验动物生产供应和动物实验服务。

2. 重庆市啮齿类实验动物工程技术研究中心。依托重庆医科大学实验动物中心，联合重庆市中药研究院实验动物研究所、原第三军医大学实验动物中心共同建立，主要职能是开展大小鼠疾病动物模型研制及应用服务。

3. 重庆医科大学实验动物质量检测中心。重庆医科大学内设检测机构，负责依照国家标准开展实验动物细菌、病毒和寄生虫的日常监测工作。

4. 生物净化平台。中心内设的技术平台，对于具有病原体感染风险的小鼠品系，采用体外受精和胚胎移植的方式重新建立符合SPF级国家标准的种群。